
La geografia dei Paesi Bassi li rende uno degli stati più particolari della Terra. Questo è dovuto al fatto che la maggior parte del suo territorio è stato ricavato dal mare e si trova sotto il livello del mare. Una catena di dune e dighe lungo le coste e le rive dei fiumi principali impediscono che queste zone vengano inondate, mentre numerose stazioni di pompaggio provvedono a rimuovere l'acqua piovana in eccesso.
La lotta per strappare il territorio al mare ed ai fiumi è uno dei temi ricorrenti della storia e della geografia olandese. Infatti buona parte del territorio è costituito da polders, ovvero da terreni strappati al mare o a lagune e paludi costiere.
Il punto più elevato dei Paesi Bassi è il Vaalserberg (321 m s.l.m.), nell'estremo sud-est del paese.
I Paesi Bassi sono divisi in due parti principali da un intricato sistema di fiumi che ha origine dalla Schelda, e soprattutto dalla Mosa e dal Reno, che in territorio olandese formano un complicato delta, I cui rami piú importanti sono noti come Waal, Lek, IJssel e Amstel.
Questa divisione è rilevante anche dal punto di vista culturale, come evidenziato dai differenti dialetti parlati nel nord e nel sud, ed ancor più dalla predominanza cattolica nella regione a sud dei fiumi e protestante calvinista nel nord, in particolare nelle province frisone a nord dell'IJssel.
La geografia olandese ha subito consistenti evoluzioni in età storica. Nel 1287 una grande tempesta travolse le dune costiere e permise al mare di riversarsi nell'interno del Paese, formando il golfo noto come Zuiderzee. Nel 1932, con la costruzione della cosiddetta Afsluitdijk (diga di sbarramento) fra la Frisia e l'Olanda Settentrionale questo golfo è stato nuovamente separato dal mare e trasformato nel lago IJsselmeer, che è poi stato parzialmente prosciugato, formando la provincia di Flevoland.