I dintorni di Danzica erano popolati fin dall'età della Pietra, e già Jordanes e Tacito riferiscono di popolazioni insediate nella zona. I Casciubi arrivarono nell'area assieme ad altre popolazioni slave dopo il 600. Il 997 è la data convenzionale di fondazione della città da parte del duca Mieszko I; è l'anno in cui Sant'Adalberto da Praga arrivò al Castello di Gdańsk (Gyddanyzc).
Nel XII secolo, Danzica fu la capitale di un'intera dinastia di duchi. Venne ufficialmente riconosciuta come città nel 1224 e battezzata Gdańsk, crebbe fino a diventare uno dei porti più importanti per il commercio e la pesca, lungo la costa del Mar Baltico. All'inizio del XIV secolo, la regione venne trascinata in una guerra che coinvolgeva Polonia e Brandeburgo. Durante il corso della guerra, Danzica venne assediata (novembre 1308) dai Cavalieri Teutonici, chiamati da Wladislaw Lokietek di Polonia.
Nel settembre 1309, il Margravio Waldemar di Brandeburgo vendette le sue pretese sul territorio all'Ordine Teutonico per 10.000 marchi. Fu allora che la città venne chiamata per la prima volta con il suo nome tedesco "Danzig". L'Ordine Teutonico dovette accettare il fatto che Danzica difendesse la sua indipendenza e fosse il più grande porto di mare della regione. In seguito la città prosperò, beneficiando dei traffici lungo la Vistola, e la città divenne un membro a tutti gli effetti della Lega Anseatica per il 1361.
Il possesso di Danzica da parte dell'Ordine Teutonico venne contestato per tutto il tempo dai re polacchi, il che portò a una serie di guerre sanguinose e azioni legali alla corte papale nel 1320 e 1333. Nel 1343 venne conclusa la pace, quando i Cavalieri Teutonici accettarono di controllare la Pomernia di Danzica, come concessione dei re polacchi, e riconobbero anche la sovranità feudale della Polonia.
Nel 1440, Danzica si uni alle città Anseatiche di Elblag e Torun per formare la Confederazione Prussiana, che venne appoggiata da Casimiro IV di Polonia nella sua ribellione (febbraio 1454) contro il governo dell'Ordine Teutonico. La risultante "Guerra delle Città" o Guerra dei Tredici Anni finì con la sconfitta dell'Ordine e la sua resa alla corona polacca (Secondo Trattato di Thorn, ottobre 1466) dei diritti su Danzica, Pomerania e il resto dell'area, successivamente conosciuta come Prussia Reale o "Polacca".
Il XV e XVI secolo portarono cambiamenti all'eredità culturale della città. Questi cambiamenti si possono vedere nelle arti, nel linguaggio e nei contributi al mondo scientifico. Nel 1566, il linguaggio ufficiale delle istituzioni di governo della città venne cambiato dal basso tedesco usato nelle città anseatiche all'alto tedesco. La città lottò per restare un membro indipendente della Lega Anseatica, durante tutto il XVI secolo, contro una serie di pressioni.
Dal XIV, fino alla metà del XVII secolo, Danzica sperimentò una crescita rapida, divenendo la più grossa città sulla costa del Baltico nel XVI secolo. La prospettiva della città venne comunque gravemente danneggiata dalla Guerra dei Trent'Anni (1618–1648) e dalla Seconda Guerra del Nord (1655–1660), soffrì inoltre di un'epidemia di peste bubbonica nel 1709.
Verso la fine del XVIII secolo, con la Spartizione della Polonia (1772), gli abitanti di Danzica di lingua tedesca combatterono ferocemente per restare indipendenti, mentre la maggioranza della Pomerania Polacca ricadde sotto il Regno di Prussia. Danzica fu circondata da territori prussiani fino al 1793, data in cui venne incorporata nel Regno, come parte della provincia della Prussia Occidentale.
Dalla prima spartizione della Polonia, la città perse la sua funzione di principale porto per le esportazioni polacche attraverso il Baltico, e smise di essere il principale porto della regione, sperimentando un prolungato declino economico e demografico.
Anche se Danzica era parte del Regno di Prussia, non fu mai un membro della Confederazione Tedesca (Deutsche Bund) del 1815–1866. Dopo lo scioglimento della Confederazione, la città venne incorporata, assieme al resto della Prussia, nella Confederazione Tedesca del Nord nel 1867 e nell'appena costituito Impero Germanico nel 1871.
A seguito della sconfitta tedesca nella prima guerra mondiale le potenze alleate, nel Trattato di Versailles (1919) decisero di creare la Libera Città di Danzica (governata da un commissario nominato dalla Società delle Nazioni) che comprendeva la città stessa, il porto, e un piccolo territorio circostante. Lo scopo di questa decisione era di permettere ai polacchi di poter usare ancora Danzica come loro porto principale, e al tempo stesso di non subordinare la popolazione tedesca della città al governo diretto della Polonia.
Venne creata dalle potenze alleate, una unione doganale con la Polonia, la quale dava il porto Westerplatte di Danzica alla Repubblica Polacca, come deposito militare. Con grande risentimento degli abitanti di Danzica, i polacchi, usando considerevoli investimenti stranieri, iniziarono a costruire un grande porto militare a Gdynia (precedentemente Gdingen), a soli 25 km da Danzica.
Dopo la prima guerra mondiale si ebbe un massiccio afflusso di polacchi nell'area. Prima della guerra, Gdingen era stato un piccolo vilaggio termale e di pescatori con 1.000 abitanti. Con l'acquisizione polacca Gdynia, vent'anni dopo, aveva oltre 100.000 abitanti polacchi.
La forte economia della fine degli anni '20, non fu sfruttata bene da Danzica, in quanto i leader cittadini erano più interessati a preparare la strada per la futura riunione con la Germania, che non a migliorare le relazioni con la Polonia. Il desiderio generale degli abitanti era per una eventuale riunione alla Germania, e le elezioni nella città, generalmente diedero la vittoria agli elementi nazionalisti.
Questo culminò nell'elezione di un governo del Partito Nazista nelle elezioni del maggio 1933, poco dopo l'ascesa al potere in Germania di Adolf Hitler. Con l'ascesa nazista, a Danzica si stava costruendo una società totalitaria, ed essere parte di un gruppo della minoranza — sia polacca che ebraica — richiedeva una buona dose di coraggio di fronte ai quotidiani atti di violenza e di persecuzione.
Nell'ottobre 1938 la Germania sollecitò la cessione della Libera Città. La Polonia rifiutò di cedere alla minaccia e fu appoggiata nella sua presa di posizione dai governi di Francia e Regno Unito. Il 1 settembre 1939, le truppe tedesche invasero la Polonia, iniziando la seconda guerra mondiale. Il 2 settembre la Germania si annesse la Libera Città. Nell'ottobre 1939, Danzica, assieme al resto della Pomerania Polacca, divenne il Reichsgau (distretto amministrativo) di Danzica-Prussia Occidentale (Danzig-Westpreussen).
I polacchi e i tedeschi dissidenti vennero inviati nei campi di concemtramento, principalmente nella vicina Stutthof, dove perirono 85.000 dei locali. Circa 60.000 membri dell'intellighenzia Casciuba e Polacca, vennero uccisi in massa a Piasnica.
All'inizio del 1945 la Germania iniziò a evacuare i civili da Danzica. Gran parte della popolazione tedesca lasciò la città. Il 30 marzo 1945 l'Armata Rossa prese Danzica. Nei giorni seguenti, i soldati sovietici ebbero mano libera in città. La storia ufficiale tedesca stima che circa 100.000 abitanti di Danzica — 40% della popolazione pre-guerra — persero le loro vite durante la guerra, compresa l'evacuazione e la presa sovietica della città.
Ancor prima della fine della seconda guerra mondiale, la Conferenza di Yalta aveva deciso di porre Danzig, che ora si sarebbe chiamata Gdansk, sotto un'amministrazione polacca de facto, decisione venne confermata dalla Conferenza di Potsdam. Un trattato tra la Polonia e la Repubblica Democratica Tedesca, nel 1950, cedeva Danzica e altre zone alla Polonia. La Germania Ovest non riconobbe i nuovi confini fino al 1970. Confini che vennero riaffermati da un trattato con la Germania unita nel 1990.
I cittadini tedeschi che tornarono in città e vi erano rimasti, vennero riconosciuti come nemici alieni. Gran parte di essi dovette affrontare un comitato speciale di verifica che giudicava il loro comportamento durante la guerra. Le persone di origine tedesca venivano represse e dovevano ottenere permessi speciali per l'emigrazione. Nell'intero processo, la maggior parte degli ex-cittadini tedeschi di Danzica scapparono nella Repubblica Federale.
Nuovi residenti polacchi vennero insediati a Danzica da altre parti della Polonia e dalle zone che vennero annesse all'Unione Sovietica dopo la seconda guerra mondiale. Anche molti Casciubi della zona si trasferirono in città. La città venne quindi trasformata da una in cui il tedesco era la lingua principale, in una in cui la maggioranza delle persone parlava polacco.
Gli artigiani polacchi ripristinarono molta parte della vecchia architettura della città, il 90 percento della quale era stata distrutta nella guerra, ma rimossero quasi tutte le scritte tedesche.
Danzica fu la scena delle dimostrazioni anti-governative che portarono alla caduta del leader comunista polacco Wladyslaw Gomulka nel dicembre 1970, e dieci anni dopo fu il luogo di nascita di Solidarnosc, il movimento sindacale la cui opposizione al governo, pose fine al regime del partito comunista nel 1989 e all'elezione a Presidente della Polonia del suo leader Lech Walesa. Danzica rimane tutt'oggi un importante porto e città industriale.