Brno cresce ai piedi dei colli Spielberg e Petrov, siti colonizzati dall'antichità.
Nel XI secolo diventa castello dei principi feudatari della Moravia e nel XII secolo sede dei margravi della Moravia. Nel 1243 viene trasformata in città murata per opera di Venceslao I. Nel 1435 a Brno vencono concluse le trattative tra gli abitanti di Praga, il re Sigismondo e i rappresentanti del Concilio di Basilea. Nel 1645 resiste all'attacco delle truppe svedesi guidate da Torstenson bloccando la sua avanzata verso Vienna.
Nel 1742 resiste anche all'assedio delle truppe prussiane. Sul finire del 1805 viene occupata da Napoleone. Dal 1820 al 1830 nella fortezza dello Spielberg adibita a carcere vengono rinchiusi Silvio Pellico ed altri aderenti alla Carboneria.
Con la rivoluzione industriale, la città diventa uno dei centri industriali dell'Austria. A partire dalla fine della prima guerra mondiale, Brno fa parte della Cecoslovacchia e quindi della Repubblica Ceca.
Talvolta viene chiamata la Manchester ceca, perché anche oggi ospita diverse fabbriche conosciute a livello mondiale.