L'origine del nome Micene non è greca: essa fu probabilmente fondata da uomini provenienti da Creta o da un'altra isola fuori dalla Grecia.
Nella mitologia, Miceneo fondò la città, che fu invece fortificata da Perseo. La civiltà minoica giunse in questo territorio, ma in seguito si distaccò totalmente dal ceppo originario, tanto da assumere la denominazione di civiltà micenea. Da qui, questa civiltà si infiltrò in tutta la Grecia fra il 2000 a.C. e il 1200 a.C.. I Micenei furono poi sostituiti e assorbiti nel dominio della città dagli Achei calati dal nord.
Dopo gli Achei, i Dori presero possesso della città e la ressero fino alla sua fine, quando, secondo studi archeologici, la città fu distrutta da un immane incendio.
Gli scavi archeologici furono avviati da Heinrich Schliemann: nel 1874 furono scoperte le tombe di alcuni re di Micene, insieme ai corredi funebri. Ulteriori analisi hanno stabilito che questi gioielli risalgono ai secoli XVI e XII a.C..
La città aveva una acropoli di forma triangolare, sulla quale sono rinvenibili la celebre porta dei Leoni, la tomba di Agamennone e il palazzo reale.
Fra gli oggetti ivi rinvenuti, sono da ricordare anche sigilli, ceramiche e tavolette con iscrizioni.