Oggi Helsinki è l'unica città della Finlandia ad utilizzare tram o metropolitana. In passato altre due città fecero uso di tram: Turku, che ne abbandonò l'uso nel 1972, e Vyborg che ne terminò l'utilizzo nel 1957.
La linea metropolitana, inaugurata nel 1982, è la prima ed unica linea metropolitana del paese e rimase tale fino al 1998, quando fu ampliata e ramificata in due linee diverse.
Helsinki è il centro ferroviario principale della Finlandia meridionale, ed è collegato a tutti i principali centri del paese e con la Lapponia. Sono inoltre presenti collegamenti giornalieri con San Pietroburgo e Mosca.
Ad Helsinki è presente la più grande linea tranviaria d'Europa.
L'aeroporto internazionale che serve la città si trova a Vantaa, a circa 20 km dal centro cittadino. Inoltre è presente anche un aeroporto minore, quello di Malmi per collegamenti interni.
Helsinki ha un porto importante per i traghetti (p.es. per Rostock, Stoccolma e Tallinn).