Colmar si trova ai piedi del massiccio dei Vosgi. E' la terza città dell'Alsazia e la seconda del dipartimento dell'Alto Reno, dopo Mulhouse.
Colmar, benchà situata in una zona di clima semi-continentale (come il resto dell'Alsazia, della Lorena e della Franca Contea) è la città più secca di Francia.
La media delle precipitazioni è di 53 cm (530 mm) all'anno. Questo fenomeno si deve al fatto che Colmar è situata ai piedi della parte più alta dei Vosgi: le nuvole, bloccate dalle creste dei monti, riversano la maggior parte della loro acqua sul versante della Lorena, lasciando Colmar a secco.