La città di Aleth, all'epoca gallo-romana, era la sede della Legione di Marte e fu distrutta nel V secolo dagli Alani e dagli Sassoni. È vicino a questa penisola di Aleth che è stata fondata nel XII secolo la città di Saint-Malo su un isolotto roccioso.
Aperta al commercio marittimo fin dal Medio Evo, Saint-Malo si è poco a poco fatta notare come la più famosa città corsara. I corsari lavoravano al conto del re (alla differenza dei pirati, che lavoravano per conto loro). Erano in possesso di un documento ufficiale che legalizzava la loro attività per combattere contro i nemici, e dovevano rispettare scrupolosamente le regole di guerra, altrimenti erano considerati come pirati. In quel periodo, il più grande nemico di Saint-Malo fu l'Inghilterra. Si può notare ancora oggi l'esempio del grande corsaro Surcouf, la cui statua eretta a Saint-Malo, indica con il dito la direzione dell'Inghilterra, terra nemica da combattere.
Nel 1534, il re francese Francesco I incarica il malouin Jacques Cartier di navigare fino alla Cina, per trovarci delle ricchezze. Però, il navigatore, sulla sua strada scopre il Canada, e ne prende il possesso in nome del re di Francia.
Nel XVI secolo, Saint-Malo si apre maggiormente al commercio marittimo con la Spagna e l'Inghilterra; numerosi pescatori partono alla volta delle coste di Terranova (vicine al Canada) per pescare il merluzzo, facendo di Saint-Malo una grande città di pescatori.
Saint-Malo diventa molto ricca nel XVII secolo, un periodo in cui i corsari controllano il traffico marittimo del Mare del Sud, e quello delle Indie Orientali. Saint-Malo diventa uno dei principali importatori del denaro sud-americano in Francia.
Il nome argentino dell'arcipelago delle isole Falklands (Islas Malvinas) deriva dal fatto che i primi coloni provenivano da Saint-Malo.
Per fare smettere la Guerra di successione in Spagna e portare la pace in Europa, la Francia e l'Inghilterra firmano il Trattato di Utrecht nel 1713. Questo trattato annuncia però la fine della prosperità di Saint-Malo.
Nel corso del XIX secolo, Saint-Malo non riesce ad arricchirsi, nonostante la sistemazione di darsene e di ferrovie.Sarà ormai in altri settori che Saint-malo si farà notare: grandi scrittori come Chateaubriand e Lamennais, originari di Saint-Malo, elogiano la loro città nella letteratura.
All'inizio del XX secolo, si sviluppa il turismo culturale e balneare della città.
Purtroppo, Saint-Malo viene distrutta quasi interamente dai bombardamenti americani durante la Seconda Guerra Mondiale (agosto 1944). Alla Liberazione, la città viene ricostruita, rispettando l'architettura del passato. Il porto diviene più moderno.
Nel 1967, Saint-Malo (l'attuale centro della città, chiamato Intra-Muros) annette le città vicine Saint-Servan e Paramé. Negli anni a seguire altre piccole città sono annesse, che sono divenuti i quartieri periferici di Saint-Malo.