Bandiera ufficiale dal 1964 al momento del´indipendenza dal Regno Unito. I colori tradizionali furono conferiti ai Maltesi da Ruggero il normanno venuto a cacciare gli arabi.
La croce fu aggiunta nel 1943 dopo che Malta fu insignita della medaglia al valore per la sua eroica resistenza agli attacchi italo-tedeschi.
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